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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  52 lines
  1. *********************************
  2. * 'Paired box' domain signature *
  3. *********************************
  4.  
  5. The 'paired box' [1,2] is a 124 amino-acid  conserved  domain  which  has been
  6. found in the proteins listed  below (references are only provided for recently
  7. determined sequences).
  8.  
  9.  - Drosophila segmentation pair-rule class protein paired (prd).
  10.  - Drosophila segmentation polarity class proteins gooseberry proximal (gsb-p),
  11.    and gooseberry distal (gsb-d).
  12.  - Drosophila proteins Pox-meso and Pox-neuro [3].
  13.  - Mammalian protein Pax1, which may play a role in the formation of segmented
  14.    structures in the embryo.
  15.  - Mammalian protein Pax3 [5].  Pax3 is  expressed  during early neurogenesis.
  16.    In Man, defects in Pax3 are  the  cause  of Waardenburg's syndrome (WS), an
  17.    autosomal dominant combination of deafness and pigmentary disturbance.
  18.  - Mammalian protein Pax6 (oculorhombin) [6]. Pax6 is probably a transcription
  19.    factor with important functions in  eye  and  nasal  development.   In Man,
  20.    defects in Pax6 are  the  cause  of  aniridia type II (AN2),  an  autosomal
  21.    dominant disorder characterized by complete or partial absence of the iris.
  22.  - Mammalian protein Pax7.
  23.  - Mammalian protein Pax8.
  24.  - Zebrafish protein Pax[Zf-a] [7].
  25.  
  26. The function  of  this  conserved  domain  is  not  yet  known. This domain is
  27. generally located  in the N-terminal section of the proteins. In some of these
  28. proteins, there is a homeobox domain upstream of the paired box.
  29.  
  30. We use  the  region  spanning  positions  35  to  51  of  the paired box, as a
  31. signature pattern.
  32.  
  33. -Consensus pattern: R-P-C-x(11)-C-V-S
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36. -Last update: December 1992 / Text revised.
  37.  
  38. [ 1] Bopp D., Burri M., Baumgartner S., Frigerio G., Noll M.
  39.      Cell 47:1033-1040(1986).
  40. [ 2] Baumgartner S., Bopp D., Burri M., Noll M.
  41.      Genes Dev. 1:1247-1267(1987).
  42. [ 3] Bopp D., Jamet E., Baumgartner S., Burri M., Noll M.
  43.      EMBO J. 8:3447-3457(1989).
  44. [ 5] Goulding M.D., Chalepakis G., Deutsch U., Erselius J.R., Gruss P.
  45.      EMBO J. 10:1135-1147(1991).
  46. [ 6] Ton C.C.T., Hirvonen H., Miwa H., Weil M.M., Monaghan P., Jordan T.,
  47.      van Heyningen V., Hastie N.D., Meijers-Heijboer H., Drechsler M.,
  48.      Royer-Pokora B., Collins F., Swaroop A., Strong L.C., Saunders G.F.
  49.      Cell 67:1059-1074(1991).
  50. [ 7] Krauss S., Johansen T., Korzh V., Moens U., Ericson J.U., Fjose A.
  51.      EMBO J. 10:3609-3619(1991).
  52.